Evolutsioon on liikide muutumine aja jooksul. Ent viisiga ökosüsteemid tööl Maal, on paljudel liikidel nende ellujäämise tagamiseks tihedad ja olulised suhted. Need sümbiootilised suhted, näiteks röövloomade ja röövloomade suhted, hoiavad biosfääri õigesti töötamas ja liikide väljasuremist. See tähendab, et ühe liigi arenedes mõjutab see teisi liike mingil moel. See liigi koevolutsioon on nagu evolutsiooniline võidurelvastumine mis nõuab, et ka teised suhted liigid säiliksid.
“Punase kuninganna” hüpotees evolutsioonis on seotud liikide koevolutsiooniga. Selles öeldakse, et liigid peavad pidevalt kohanema ja arenema, et geenid järgmisele põlvkonnale edasi anda ning samuti hoiduda väljasuremisest, kui arenevad muud sümbiootilises suhtes olevad liigid. Esmakordselt 1973. aastal Leigh Van Valeni poolt välja pakutud hüpoteesi osa on eriti oluline röövloomade-saagisuhete või parasiitsuhete puhul.
Toiduallikad on vaieldamatult üks kõige olulisemaid suhteid liikide ellujäämise osas. Näiteks kui röövliigid muutuvad mõne aja jooksul kiiremaks, peab röövloom kohanema ja arenema, et röövloomi kasutada usaldusväärse toiduallikana. Vastasel juhul pääseb nüüd kiirem saakloom ja röövloom kaotab toiduallika ja võib-olla kustub. Kui röövloom muutub ise kiiremaks või areneb muul moel nagu varjatud või paremaks jahimeheks, siis võib suhe jätkuda ja röövloomad jäävad ellu. Punase Kuninganna hüpoteesi kohaselt on selle liigi edasi-tagasi koevolutsioon pidev muutus, väiksemate kohanemistega koguneb pika aja jooksul.
Punase kuninganna hüpoteesi teine osa on seotud seksuaalse valikuga. See on seotud hüpoteesi esimese osaga kui mehhanismiga kiirendada soovitavate tunnustega evolutsiooni. Liigid, mis on võimelised paarit valima, mitte läbima aseksuaalne paljunemine partneri valimata jätmine suudab tuvastada selle partneri omadused, mis on soovitavad ja loovad keskkonnale sobivamad järglased. Loodetavasti viib selline soovitavate tunnuste segunemine järglaste valimise läbi looduslik valik ja liike jätkub. See on eriti kasulik mehhanism ühe liigi puhul sümbiootilises suhtes, kui teised liigid ei saa läbi teha seksuaalset valikut.
Seda tüüpi koostoime näide on peremehe ja parasiidi suhe. Isikud, kes soovivad paarituda piirkonnas, kus on palju parasiitsuhteid, võivad otsida paarit, kes näib olevat parasiidi suhtes immuunne. Kuna enamus parasiite on aseksuaalsed või ei suuda seksuaalset selektsiooni läbi viia, on liikidel, kes saavad valida immuunsuse tüübi, evolutsioonilise eelise. Eesmärk oleks saada järglasi, kellel on omadus, mis muudab nad parasiidi suhtes immuunseks. See muudaks järglased keskkonnasõbralikumaks ja elaksid tõenäolisemalt piisavalt kaua, et end taas paljundada ja geene edasi anda.
See hüpotees ei tähenda, et selle näite parasiit ei oleks võimeline kaasnema. Kohanemiste kogumiseks on rohkem võimalusi kui lihtsalt partnerite seksuaalne valik. DNA mutatsioonid võib muuta ka süsteemi geenivaram ainult juhuslikult. Kõigil organismidel, sõltumata nende paljunemisstiilist, võivad mutatsioonid aset leida igal ajal. See võimaldab kõigil liikidel, isegi parasiitidel, ühte moodustuda, kuna arenevad ka teised liigid nende sümbiootilistes suhetes.