Molekulaarsed ühendid sisaldavad kahte või enamat mittemetallid (mitte ammooniumiioon). Tavaliselt saate molekulaarse ühendi ära tunda, kuna ühendi nime esimene element on mittemetall. Mõned molekulaarsed ühendid sisaldavad vesinikku, kuid kui näete ühendit, mis algab tähega H, võite eeldada, et see on hape ja mitte molekulaarne ühend. Ühendeid, mis koosnevad ainult süsinikust koos vesinikuga, nimetatakse süsivesinikeks. Süsivesinikel on oma spetsiaalne nomenklatuur, nii et neid koheldakse erinevalt teistest molekulaarsetest ühenditest.
Mittemetallid võivad omavahel kombineeruda erinevates suhetes, seetõttu on oluline, et molekulaarse ühendi nimetus näitaks, kui palju aatomeid ühendis on igat tüüpi elemente. Selleks kasutatakse eesliiteid. Kui esimesel elemendil on ainult üks aatom, siis eesliidet ei kasutata. Tavaliselt on teise elemendi ühe aatomi nimi eesliitega mono-. Näiteks nimetatakse CO süsinikoksiidiks, mitte süsinikoksiidiks.
Kovalentse ühendi valemi saab kirjutada selle nimest, kirjutades esimese ja teise elemendi sümbolid ning tõlkides eesliited alamtekstideks. Näiteks ksenoonheksafluoriid kirjutatakse XF
6. On tavaline, et õpilastel on raskusi ühendite nimetuste valemite kirjutamisega, kuna ioonilised ühendid ja kovalentsed ühendid on sageli segamini. Te ei tasakaalusta kovalentsete ühendite tasusid; kui ühend ei sisalda metalli, ärge proovige seda tasakaalustada!