TBE puhver (Tris-boraat-EDTA) on puhverlahus, mis koosneb Tris-alusest, boorhappest ja EDTA-st (etüleendiamiintetraäädikhape). Seda puhverlahust kasutatakse agaroosgeeli elektroforeesil sageli DNA produktide analüüsimisel, mis tulenevad PCR-i amplifikatsioonist, DNA puhastusprotokollidest või DNA kloonimiskatsetest.
TBE kasutab
TBE puhver on eriti kasulik väiksemate DNA fragmentide (MW <1000), näiteks väikeste DNA produktide eraldamiseks restriktsiooniensüüm seedib. TBE-l on suurem puhverdusvõime ja see annab teravama lahutusvõime kui TAE-puhver. TAE (Tris-atsetaat-EDTA) puhver on lahus, mis koosneb Tris-alusest, äädikhappest ja EDTA-st.
TBE on üldiselt kallim kui TAE ja pärsib DNA ligaasi, mis võib põhjustada probleeme, kui on ette nähtud järgmised DNA puhastamise ja ligeerimise etapid. Järgneva kolme lihtsa sammu abil saate teada, kuidas teha TBE puhverlahust. Loomine ei tohiks võtta rohkem kui umbes 30 minutit.
Mida sa vajad
TBE puhvri valmistamiseks vajate vaid nelja ainet. Selle nimekirja ülejäänud üksused on seadmed. Neli nõutavat ainet on EDTA dinaatriumsool, Tris-alus, boorhape ja deioniseeritud vesi.
Mis puudutab seadmeid, siis vajate vastavalt vajadusele pH-meetrit ja kalibreerimisstandardeid. Lisaks on teil vaja umbes 600- ja 1500-milliliitriseid keeduklaase või kolbe. Teie seadme vajaduste ümardamiseks on gradueeritud silindrid, segamisvardad ja segamisplaadid.
Tutvuge kasutatavas laboris oleva laovaruga, enne kui alustate, et teil oleks olemas kõik vajalik. Pole midagi hullemat, kui peate peatuma keset lahenduse ettevalmistamist, kuna teil on korralikud materjalid otsa saanud.
Kui teie labor asub koolis või teie töökohal, küsige vastava personali käest, kas neil on kõik laos olevad asjad. See võib lõpuks kokku hoida aega ja energiat.
Valemi kaalu lühendatakse kui FW. See on elemendi aatommass, mis korrutatakse valemi iga elemendi aatomite arvuga, liites seejärel kokku iga elemendi kõik massid.
EDTA põhilahus
EDTA lahendus tuleks ette valmistada enne tähtaega. EDTA ei lähe täielikult lahusesse enne, kui pH on reguleeritud umbes 8,0-ni. 500 M 0,5 M EDTA põhilahuse jaoks kaalutakse 93,05 grammi EDTA dinaatriumisoola (FW = 372,2). Seejärel lahustage see 400 milliliitris deioniseeritud vees ja reguleerige pH NaOH (naatriumhüdroksiid) abil. Pärast seda lisage lahus lõppmahuni 500 milliliitrit.
TBE põhilahus
Valmistage kontsentreeritud (5x) TBE põhilahus, kaaludes 54 grammi Tris-alust (FW = 121,14) ja 27,5 grammi boorhapet (FW = 61,83) ja lahustades mõlemad umbes 900 milliliitris deioniseeritud lahuses vesi. Seejärel lisage 20 milliliitrit 0,5 M (molaarsus või kontsentratsioon) EDTA (pH 8,0) ja reguleerige lahus lõppmahuni 1 liiter. Seda lahust saab säilitada toatemperatuuril, kuid vanemates lahustes moodustub sade. Puhvrit hoitakse klaaspudelites ja sademe tekkimisel visake ära.
TBE töölahendus
Agaroosgeeli elektroforeesi jaoks võib kasutada TBE puhvrit kontsentratsioonis 0,5x (kontsentreeritud segu lahjendus 1:10). Põhilahust lahjendatakse deioniseeritud vees 10 korda. Lõplikud lahustunud kontsentratsioonid on 45 mM Tris-boraati ja 1 mM (millimolaarset) EDTA-d. Puhver on nüüd kasutamiseks valmis agaroosgeeli käitamine.