Mõiste nišš, kui seda kasutatakse ökoloogilise bioloogia teaduses, kasutatakse organismi rolli määratlemiseks ökosüsteemis. Selle nišš hõlmab mitte ainult keskkonda, milles konkreetne organism elab, vaid hõlmab ka organismi "tööd" selles keskkonnas. Nišš võib hõlmata ka seda, mida organism sööb, kuidas see toimib koos teiste elusate (biootiliste) elementidega ja kuidas see toimib ka keskkonna mitteelustavate (abiootiliste) aspektide osas.
Põhimõtteline nišš vs. Realiseeritud nišš
Kõigil elusorganismidel on nn fundamentaalne nišš. Põhiline nišš hõlmab kõiki võimalusi organismile selles keskkonnas: kõiki võimalikke looduslike haiguste allikaid toit, kõik keskkonnas esinevad avatud käitumisrollid ja kõik talle sobivad elupaigad. Näiteks must karu (Ursa americanus) on laialt levinud, kõigesööja Liigid, millel on suur põhiline nišš, kuna see võib süüa nii liha kui ka mitmesuguseid taimestikke ning areneda nii madalates metsades kui ka rohumaades mägipiirkondades. See õitseb sügavas kõrbes, kuid on ka väga kohanemisvõimeline inimasustuse lähedal asuvates piirkondades.
Tegelikult ei saa organism siiski kasutada kõiki keskkonnas sobivaid ressursse korraga. Selle asemel on organismil kitsam toitu, rolle ja elupaiku, mida ta kasutab. Seda spetsiifilisemat rolli nimetatakse organismi omaks realiseeritud nišš. Näiteks võivad asjaolud või konkurents redutseerida musta karu niši selliseks, kus toidud koosnevad eranditult marjadest ja porgandilihast ning peavarjuks on ainult muda urud. Jahimehe asemel võib selle nišiks saada brauseri oma.
Suhted teiste organismidega
Organismi niši määramiseks tulevad mängu ka sümbiootilised suhted. Selles piirkonnas asuvad kiskjad võivad piirata organismi nišši ja eriti seal, kus see võib leida ohutuse ja peavarju. Konkurendid piiravad ka toiduallikaid ja muid toitaineid, nii et need võivad mõjutada ka seda, kus organism oma kodu teeb. Näiteks must karu ja pruunkaru (Ursus arctos) kattuvad suurel osal nende leviladest ja kui see juhtub, on võimsamal pruunkarul üldjuhul varjupaik ja ulukiliigid, piirates musta karu jaoks nišši.
Kõik suhted pole konkurentsitihedad. Organism võib otsida positiivseid tulemusi ka teistelt liikidelt interaktsioonid oma niši määratlemiseks. Kommensalism ja vastastikkus koos teiste piirkonnas asuvate liikidega võib organismi elu lihtsamaks muuta. Kommensalism on suhe, milles üks liik saab kasu, teine aga mitte. vastastikune suhe on suhe, millest saavad kasu mõlemad liigid. Must karu, kes õpib toituma arvukalt maanteel tapetud kährikutest, harjutab kommensalismi; karu, kes sööb suures koguses murakaid, siis "istutab" uusi marju, levitades neid oma hajumise hoiuste kaudu, harjutamist.
Suhted elutute (abiootiliste) teguritega
Abiootilised tegurid, näiteks vee kättesaadavus, kliima, ilm - ning taimede, mullatüüpide ja päikesevalguse hulga korral - võib ka organismi põhilise niši kitsendada selle realiseeritud nišini. Näiteks võib pikaajalise metsapõua tingimustes meie must karu leida oma realiseeritud niši uuesti soositud taimed kaovad, ulukiliigid vähenevad ja veepuudus sunnib teda varjupaika otsima mujalt.
Mingil määral suudab organism kohaneda oma keskkonnaga, kuid niši loomiseks tuleb esmalt rahuldada tema põhivajadused.