Kilpkonnade toitumisharjumused on mitmekesised ja see, mida nad söövad, sõltub olemasolevatest toiduallikatest, elupaigast, milles kilpkonn elab, ja kilpkonna käitumisest. Enamik täiskasvanud maakilpkonnadest sööb dieeti, mis koosneb taimedest. Nad karjatavad murul või sirvivad nende käsutuses olevate põõsaste ja põõsaste lehti. Üksikud kilpkonnaliigid söövad ka puuvilju. Mõnikord söövad mõned kilpkonnad ka väikeseid putukaid, näiteks röövikud, kes takerduvad söödavatesse taimedesse, nii et selgrootud moodustavad osa ka kilpkonna toitumisest.
Üks rühm kilpkonni, mis on tuntud oma taimtoiduliste toitumisharjumuste poolest, on Galapagose kilpkonnad. Galapagose kilpkonnad toituvad lehtedest ja rohust ning nende toitumine on nii mõjukas, et üle kogu nende kestad on evolutsiooni käigus modifitseeritud erinevalt, et kajastada nende söömist harjumused. Galapagose kilpkonna alamliikidel, kes söövad maapinna lähedal kõrrelisi, on kuplikujulised koored, mille koore äär asub tihedalt kaela kohal. Galapagose kilpkonna alamliigil, kes söövad lehed, mis asuvad maapinnal põõsastel ja põõsastel, on kestad, mis on sadulakujuline, ümbrise servaga ülespoole kaardudes, mis võimaldab neil kaela kõrgel õhku kraanada haarata nende toitu.
Magevee kilpkonnad, näiteks kilpkonnad, on varitsuskiskjad. Liiga tülikas on pärast saagist ükskõik millise suure kiirusega ujuda, selle asemel kipuvad kilpkonnad end hunnikusse veetaimestikku ja napsavad kõike, mis nende teele jääb. Järelikult söövad kilpkonnad kalu ja koorikloomi.
Enamik mageveekilpkondi, kui nad on noored, söövad veeselgrootute vastseid. Vanemaks saades muutub nende toitumine veetaimestikuks. Merikilpkonnad söövad mitmesuguseid mere selgrootud ja taimestikku. Näiteks toituvad nahast merikilpkonnad meduusid, merikilpkonnad söövad põhjas elavaid merikarpe, rohelised merikilpkonnad söövad merirohtu ja vetikaid.