Veekogukonnad on maailma peamised vee-elupaigad. Nagu maa biomid, võib veekooslusi jagada ka ühiste tunnuste alusel alajaotusteks. Kaks levinumat nimetust on magevee- ja merekooslused.
Mageveekogukonnad
Jõed ja ojad on veekogud, mis liiguvad pidevalt ühes suunas. Mõlemad on kiiresti muutuvad kogukonnad. Jõe või oja allikas erineb tavaliselt märkimisväärselt sellest, kus jõgi või oja tühjeneb. Nendes mageveekogukondades võib leida mitmesuguseid taimi ja loomi, sealhulgas forellid, vetikad, sinivetikad, seenedja muidugi mitmesuguseid kalaliike.
Estuaarid on alad, kus mageveevoolud või jõed kohtuvad ookeaniga. Need väga produktiivsed piirkonnad sisaldavad taimede ja loomade elu väga mitmekesiselt. Jõgi või oja kannab tavaliselt palju toitaineid sisemaistest allikatest, muutes suudmealad võimeliseks seda rikkalikku mitmekesisust ja kõrget produktiivsust toetama. Estuaarid on mitmesuguste loomade, sealhulgas veelindude söötmis- ja pesitsusalad roomajad, imetajad, ja kahepaiksed.
Järved ja tiigid on seisvad veekogud. Paljud ojad ja jõed lõppevad järvedes ja tiikides. Fütoplanktoni leidub tavaliselt ülemistes kihtides. Kuna valgust neelab ainult teatud sügavus,
fotosüntees on levinud ainult ülemistes kihtides. Järved ja tiigid toetavad ka mitmesuguseid taime- ja loomaelusid, sealhulgas väikseid kalu, soolvees krevette, veelisi putukaid ja arvukaid taimeliike.Merekogukonnad
Ookeanid katab umbes 70% maapinnast. Merekogukondi on keeruline jagada eraldi tüüpideks, kuid neid saab klassifitseerida valguse läbitungimise astme põhjal. Lihtsaim klassifikatsioon koosneb kahest eraldiseisvast tsoonist: fotiline ja afaadiline tsoonid. Fotiline tsoon on valguse tsoon või ala veepinnast sügavusteni, kus valguse intensiivsus on vaid umbes 1% pinna pinnast. Selles tsoonis toimub fotosüntees. Valdav osa mereelustikust eksisteerib fototsoonis. Atootiline tsoon on piirkond, kus päikesevalgus vähe või üldse mitte. Selles tsoonis on keskkond äärmiselt pime ja külm. Atootilises tsoonis elavad organismid on sageli bioluminestsentsed või on ekstremofiilid ja ekstreemses keskkonnas elavad vilunud. Nagu teistegi kogukondade puhul, elab ookeanis mitmesuguseid organisme. Mõned neist on seened, käsnad, meritäht, mere anemoonid, kalad, krabid, dinoflagellates, rohevetikad, mereimetajad, ja hiiglane pruunvetikas.