Teatud piirkondades, näiteks Lõuna-Indias, hoidsid hindude kuningriigid moslemite mõõna vastu ja surusid seda isegi tagasi. Subkontinenti tabasid ka kuulsad Kesk-Aasia vallutajad Tšingis-khaan, kes polnud moslem, ja Timur või Tamerlane, kes oli.
See periood oli Mughali ajastu (1526–1857) eelkäija. Mughali impeerium asutas Usbekistanist pärit moslemivürst Babur. Hilisemate Mogulite all, eriti Akbar Suur, jõudsid moslemite keisrid ja nende hinduistid enneolematu arusaamiseni ning lõid ilusa ja õitsva multikultuurilise, mitmerahvuselise ja usuliselt mitmekesise riigi.
Aastal 1206 endine Mamluk ori nimega Qutbubuddin Aibak vallutas Põhja-India ja rajas kuningriigi. Ta nimetas end Delhi sultaniks. Aibak oli Kesk-Aasia türgi keele kõneleja, nagu ka järgmise nelja Delhi sultanaadi kolme asutajad. Kuni viis 1526. aastat valitses Põhja-Indias suures osas viis moslemite sultanite dünastiat, mil Babur pühkis Afganistanist alla Mughali dünastia.
Aastal 1221 põgenes sultan Jalal ad-Din Mingburnu oma pealinnast Usbekistanis Samarkandis. Tema Khwarezmidi impeerium oli langenud Tšingis-khaani edasiviivasse armeesse ja tema isa oli tapetud, nii et uus sultan põgenes lõunasse ja itta Indiasse. Induse jõe ääres, mis praegu on Pakistan, püüdsid mongolid Mingburnu ja tema 50 000 järelejäänud sõjaväelast. Mongoli armee oli vaid 30 000 tugev, kuid see kinnitas pärslased jõekaldale ja hävitas nad. Võib-olla on kerge sultani pärast kahetsust tunda, kuid tema isa otsus mõrvata Mongoli saadikud oli otsene säde, mis
asusid mongoli vallutused maha Kesk-Aasiast ja mujalt.Lõuna-India Chola dünastial oli inimajaloo kõigi aegade dünastia üks pikimaid aegu. Mõni aeg 300ndatel eKr asutatud aeg kestis aastani 1250 CE. Üksiku otsustava lahingu kohta pole arvestust; pigem kasvas naabruses asuv Pandjani impeerium jõudu ja mõjuvõimsust niivõrd, et see varjutas ja järk-järgult kustutas iidse Chola võimu. Need hinduistlikud kuningriigid olid piisavalt kaugel lõunas, et pääseda Kesk-Aasiast alla tulevate moslemite vallutajate mõjust.
Aastal 1290 langes Delhis Mamluki dünastia ja selle asemele tekkis Khilji dünastia, et saada viiest Delhi sultanaadi valitsemise viiest perekonnast teine. Khilji dünastia võimule jääks vaid 1320. aastani.
Nende lühikese, 30-aastase valitsusaja jooksul suutsid Khilji dünastia Mongoli impeeriumist edukalt maha hoida mitmed sissetungid. Viimane ja otsustav lahing, mis lõpetas Mongoli India vallutuskatsed, oli Jalandhari lahing 1298, mille käigus Khilji armee tappis umbes 20 000 mongolit ja ajas ellujäänud Indiast välja hea.
Aastal 1320 haaras Türgi ja India segavereline uus pere Delhi sultanaadi kontrolli, alustades Tughlaqi dünastia perioodist. Ghazi Maliku asutatud Tughlaqi dünastia laienes lõunas üle Deccani platoo ja vallutas esimest korda suurema osa Lõuna-Indiast. Need territoriaalsed eelised ei kestnud aga kaua. 1335. aastaks oli Delhi sultanaat kahanenud tagasi oma Põhja-India harjunud alale.
Huvitaval kombel teenis kuulus Maroko rändur Ibn Battuta a qadi või islami kohtunik Ghazi Maliku kohtus, kes oli võtnud Ghyasuddin Tughlaqi trooninime. India uue valitseja suhtes ei avaldanud talle soodsat muljet, taunides mitmesuguseid piinamisi inimesed, kes ei suutnud makse maksta, sealhulgas pistsid silmad lahti või lasid sula plii maha kõri. Ibn Battuta oli eriti jahmunud, et neid õudusi pandi toime nii moslemite kui ka uskmatute vastu.
Kuna Tughlaqi võim Lõuna-Indias kiiresti kahanes, kiirustas uus hindude impeerium võimuvaakumit täitma. Vijayanagara impeerium valitses Karnatakast enam kui kolmsada aastat. See tõi Lõuna-Indiasse enneolematu ühtsuse, mis põhines peamiselt hindude solidaarsusel põhjapoolse moslemite tajutava ohu taustal.
Ehkki Vijayanagara suutis ühendada suure osa Lõuna-Indiast, kaotasid nad peagi subkontinendi vööst üle ulatuva viljaka Deccani platoo uuele moslemite sultanaadile. Bahmani sultanaadi rajas Türgi mäss Tughlaqide vastu nimega Ala-ud-Din Hassan Bahman Shah. Ta arvas dekaani Vijayanagarast eemale ja tema sultanaat püsis tugevana enam kui sajandi vältel. 1480. aastatel läks Bahmani sultanaat aga järsku langusse. 1512. aastaks olid viis väiksemat sultanaati ära murdnud. Viisteist aastat hiljem oli keskne Bahmani osariik kadunud. Lugematutes lahingutes ja lahingutes õnnestus väikestel järglasriikidel takistada Vijayanagari impeeriumi täielikku lüüasaamist. Kuid 1686. aastal halastamatu keiser Aurengzeb Mughalitest vallutas Bahmani sultanaadi viimased jäänused.
Madurai sultanaat, tuntud ka kui Ma'bari sultanaat, oli veel üks Türgi valitsenud piirkond, mis oli Delhi sultanaadist vabaks murdnud. Asudes kaugel lõunas Tamil Nadus, kestis Madurai sultanaat vaid 48 aastat enne Vijayanagara kuningriigi vallutamist.
Läänekalendri neljateistkümnes sajand lõppes verre ja kaosega Delhi sultanaadi Tughlaqi dünastia jaoks. Verejanuline vallutaja Timur, tuntud ka kui Tamerlane, tungis Põhja-Indiasse ja hakkas ükshaaval vallutama Tughlaqsi linnu. Kannatatud linnade elanikud tapeti massiliselt, nende maha lõigatud pead kuhjati püramiidideks. 1398. aasta detsembris võttis Timur Delhi, rüüstades linna ja tappes selle elanikud. Tughlaqid hoidsid võimu käes kuni 1414. aastani, kuid nende pealinn ei toibunud Timuri terrorist enam kui sajandi jooksul.