Autonoomsed klassiruumid on spetsiaalselt puuetega lastele mõeldud klassiruumid. Autonoomsed programmid on tavaliselt ette nähtud tõsisema puudega lastele, kes ei pruugi üldse osaleda üldharidusprogrammides. Nende puuete hulka kuuluvad autism, emotsionaalsed häired, raske intellektipuue, mitu ebasoodsat olukorda ning raskete või habraste haigusseisunditega lapsed. Nendele programmidele määratud õpilased on sageli määratud vähem piiravasse (vt LRE) keskkonda ja neil pole õnnestunud saada edu või on nad alustanud sihtprogrammidega, mis on loodud nende edu saavutamiseks.
LRE (vähim piirav keskkond) on puuetega inimeste haridusseaduses levinud juriidiline mõiste, mis nõuab koolidelt puuetega laste paigutamist kõige rohkem sellistesse oludesse, kus nad on õpetas. Koolipiirkonnad peavad pakkuma täielikku järjepidevust praktikatest alates kõige piiravamatest (iseseisvatest) kuni kõige vähem Piiravad (täielik kaasamine). Paigutused tuleks teha laste huvides, mitte laste mugavuse huvides kool.
Autonoomsetesse klassiruumidesse paigutatud õpilased peaksid veeta aega üldhariduskeskkonnas, kui ainult lõunasöögiks. Tõhusa iseseisva programmi eesmärk on suurendada aega, mille õpilane veedab üldhariduskeskkonnas. Sageli lähevad iseseisvate programmide õpilased "erialadele" - kunstile, muusikale, kehalisele kasvatusele või humanitaarteadustele - ja osalevad klassiruumi paraprofessionaalide toel. Õpilased, kellel on programme lastele
emotsionaalsed häired veedavad tavaliselt osa oma päevast laienevatel alustel vastavas klassiklassis. Nende õppejõude võib juhendada üldharidusõpetaja, samal ajal kui nad saavad eripedagoogilt tuge raske või väljakutsuva käitumise juhtimisel. Sageli võib üliõpilane eduka aasta jooksul liikuda "iseseisvalt" vähem piiravatesse oludesse, näiteks "ressurss" või isegi "konsulteerida".Ainus praktika, mis on "piiravam" kui iseseisev klassiruum, on elukohajärgne praktika, kus õpilased viibivad asutuses, kus on nii palju ravi kui ka haridust. Mõni linnaosades on erikoolid, mis koosnevad ainult iseseisvatest klassiruumidest, mida võib pidada iseseisvate ja elamurajoonide vaheliseks, kuna koolid pole õpilaste lähedal kodud.
Näide: Emily ärevuse ja ennast kahjustava käitumise tõttu otsustas tema IEP meeskond, et emotsionaalsete häiretega õpilastele mõeldud iseseisev klassiruum oleks parim koht, kus teda turvaliselt hoida.