Üks Aafrika riikide iseseisvumisel kõige pakilisemaid väljakutseid oli nende infrastruktuuri puudumine. Euroopa imperialistid otsustasid end tsivilisatsiooni toomise ja Aafrika arendamise üle, kuid oma endistest kolooniatest oli neil vähe infrastruktuuri. Impeeriumid olid ehitanud teid ja raudteid - või pigem olid nad sundinud oma koloniaalisikuid neid ehitama -, kuid need polnud ette nähtud riikliku infrastruktuuri rajamiseks. Keiserlikud maanteed ja raudteed olid peaaegu alati mõeldud tooraine ekspordi hõlbustamiseks. Paljud, nagu Ugandi raudtee, jooksid otse rannajoonele.
Neil uutel riikidel puudus ka tootmistaristu oma toorainele väärtuse lisamiseks. Rikkad, kuna paljudes Aafrika riikides oli sularaha ja mineraale, ei saanud nad neid kaupu ise töödelda. Nende majandused sõltusid kaubandusest ja see tegi nad haavatavaks. Nad olid ka lukustatud sõltuvustsüklitesse endistest Euroopa meistritest. Nad olid saavutanud poliitilised, mitte majanduslikud sõltuvused ja Kwame Nkrumahina - esimene peaminister Ghana minister ja president - teadsid, et poliitiline iseseisvus ilma majandusliku iseseisvuseta oli mõttetu.
Energiasõltuvus
Infrastruktuuri puudumine tähendas ka seda, et Aafrika riigid olid suurema osa oma energiast sõltuvad lääne majandustest. Isegi õlirikastel riikidel polnud rafineerimistehaseid, mis oleksid vajalikud toornafta muutmiseks bensiiniks või kütteõliks. Mõned juhid, näiteks Kwame Nkrumah, üritasid seda parandada, asudes võtma ulatuslikke ehitusprojekte, näiteks Volta jõe hüdroelektrijaama tammi projekti. Tamm varustas küll väga vajalikku elektrit, kuid selle ehitamine pani Ghana suuresti võlgadesse. Ehitamine nõudis ka kümnete tuhandete ghanalaste ümberpaigutamist ja aitas kaasa Nkrumahi langevale toetusele Ghanas. 1966. aastal oli Nkrumah kukutatud.
Kogenematu juhtimine
Iseseisvuse ajal oli mitu presidenti, näiteks Jomo Kenyatta, oli mitu aastakümmet poliitilist kogemust, kuid teistel, nagu Tansaania omad Julius Nyerere, oli poliitilisse kaklusse jõudnud just aastaid enne iseseisvumist. Samuti oli selgelt puudus koolitatud ja kogenud tsiviiljuhtimisest. Koloonia valitsuse madalamates ešelonides olid pikka aega töötanud Aafrika subjektid, kuid kõrgemad auastmed olid reserveeritud valgetele ametnikele. Üleminek iseseisvunud riigiametnikele tähendas, et bürokraatia kõikidel tasanditel oli vähese eelkoolitusega inimesi. Mõnel juhul viis see uuenduseni, kuid Aafrika riikide iseseisvuse ees seisnud väljakutsetega kaasnes sageli kogenud juhtkonna puudumine.
Rahvusliku identiteedi puudumine
Aafrika uutele riikidele jäid piirid, millele Euroopas tõmmati kindlaks 2007. Aastal Rüselus Aafrika pärast arvestamata kohapealset etnilist või sotsiaalset maastikku. Nende kolooniate subjektidel oli sageli palju identiteete, mis tõukasid nende olemise tunde, näiteks Ghana või Kongo. Koloniaalpoliitika, mis privilegeeris ühte rühma teise suhtes või eraldas maad ja poliitilisi õigusi "hõimu" poolt, suurendas neid lõhesid. Kõige kuulsam juhtum oli Belgia poliitika, mis kristalliseeris Rwanda Hutuse ja Tutsise vahelised lõhed, mis viisid traagilise genotsiidini 1994. aastal.
Vahetult pärast dekoloniseerimist nõustusid uued Aafrika riigid puutumatute piiride poliitikaga, mis tähendab, et nad ei üritaks Aafrika poliitilist kaarti ümber joonistada, kuna see tooks kaasa kaose. Nende riikide juhtidele jäeti seega väljakutse püüda luua rahvuslik identiteet ajal, mil uue riigi osalust otsivad inimesed mängisid sageli üksikisikute piirkondlikke või etnilisi esindajaid lojaalsus.
Külm sõda
Lõpuks langes dekoloniseerimine külma sõjaga, mis esitas Aafrika riikidele veel ühe väljakutse. Ameerika Ühendriikide ja Nõukogude Sotsialistlike Vabariikide Liidu (NSVL) vaheline tõuge tõmbas mittevastavusse a keeruline, kui mitte võimatu variant ja need juhid, kes üritasid kolmandat moodi nikerdada, leidsid üldiselt, et nad peavad võtma küljed.
Külma sõja poliitika pakkus võimaluse ka fraktsioonidele, kes üritasid uutele valitsustele väljakutseid esitada. Angolas põhjustas valitsus ja mässuliste rühmitused Külmas sõjas saadud rahvusvahelise toetuse kodusõjani, mis kestis ligi kolmkümmend aastat.
Need ühendatud väljakutsed raskendasid tugeva majanduse või poliitilise stabiilsuse loomist Belgias Aafrika ja aitas kaasa murrangule, mida paljud (kuid mitte kõik!) Riigid 60ndate aastate lõpust kuni 90ndate lõpus.