Katastroofilised üleujutused Kollane jõgi pesi põllukultuurid maha, uppus külaelanikud ja muutis jõe rada nii, et see ei kohtunud enam Suure Kanaliga. Nende katastroofide üle elanud näljased hakkasid arvama, et nende etnilised mongoli valitsejad, Yuani dünastia, oli kaotanud Taeva mandaat. Kui need samad valitsejad sundisid 150 000 kuni 200 000 oma Hani-päritolu isikut pöörduma massilise tööjõu poole, et kanal uuesti välja kaevata ja jõe äärde liita, mässasid töömehed. See ülestõus, mida kutsuti Punaseks Turbani mässuks, tähendas Mongoli Hiina valitsemise lõpu algust.
Punaste turbanide esimene juht Han Shantong värbas oma järgijad sunnitöölistelt, kes kaevasid 1351. aastal kanalipeenra välja. Hani vanaisa oli olnud Valge Lootose sekti sekti juht, mis andis Punase Turbani mässu usulisi aluseid. Yuani dünastia võimud vallutasid ja hukati peagi Han Shantongi, kuid tema poeg võttis tema koha mässu eesotsas. Mõlemad Hans said mängida oma järgijate nälga, nende meelepaha töö sunnil valitsuselt palka maksmata ja nende sügav sügav vastumeelsus, et alates aastast "barbaarid" neid valitsevad Mongoolia. Põhja-Hiinas tõi see kaasa Punase Turbani valitsusvastase tegevuse plahvatuse.
Vahepeal algas Lõuna-Hiinas Xu Shouhui juhtimisel teine Punase Turbani ülestõus. Sellel olid sarnased kaebused ja eesmärgid kui Põhja-Punaste Turbanite omadel, kuid neid kahte ei suudetud kuidagi kooskõlastada.
Ehkki talupoegade sõdurid samastusid algselt valge värviga (Valge Lootose Ühingust), vahetasid nad peagi palju õnnelikuma punase värvi. Enda tuvastamiseks kandsid nad punaseid peapaelu või hong jin, mis andis ülestõusule üldnime "Punane Turbani mäss". Relvastatud vahetustega relvade ja talutarvikutega, nad ei tohtinud olla reaalne oht keskvalitsuse mongoli juhitud armeele, kuid Yuani dünastia oli rahutus.
Algselt suutis üks võimeline ülem, keda kutsus ülemnõunik Toghto, kokku panema 100 000 keiserliku sõduri efektiivse väe, et põhjapoolsed punased turbanid maha panna. Ta saavutas edu 1352. aastal, suunates Hani armee. Aastal 1354 läksid punased turbanid veel kord rünnakule, lõigates Suurkanali. Toghto koondas väe, mille arv oli tavapäraselt 1 miljon, ehkki see on kahtlemata tõsine liialdus. Nii nagu ta hakkas liikuma Punaste Turbanite vastu, viis kohus intriigide tagajärjel keisri Toghto vallandamiseni. Tema nördinud ohvitserid ja paljud sõdurid lahkusid tema väljasaatmise protestist ning Yuani kohus ei suutnud kunagi leida teist tõhusat kindralit, kes juhiks Puna-Turbani vastaseid jõupingutusi.
1350. aastate lõpus ja 1360. aastate alguses võitlesid punaste turbanide kohalikud juhid omavahel sõdurite ja territooriumi üle kontrolli eest. Nad kulutasid üksteisele nii palju energiat, et Yuani valitsus jäeti mõneks ajaks suhteliselt rahule. Tundus, nagu mäss võiks erinevate sõjapealike ambitsioonide raskuses kukkuda.
Han Shantongi poeg suri aga 1366; mõned ajaloolased usuvad, et tema kindral Zhu Yuanzhang laskis ta uppuda. Ehkki kulus veel kaks aastat, juhtis Zhu oma talupoegade armee Mongoli pealinna Dadu (Peking) vallutamiseks 1368. Yuani dünastia langes ja Zhu rajas uue, etniliselt Hani Hiina keel dünastia nimega Ming.