RFLP ja DNA analüüsirakendused

Restriktsioonifragmendi pikkuse polümorfism (RFLP) on geneetilise analüüsi molekulaarne meetod, mis võimaldab indiviide tuvastada ainulaadsete restriktsiooniensüüm DNA teatud piirkondade lõikamine.

Viidatud ka kui RFLP analüüsile, kasutab tehnika ära polümorfismid üksikute inimeste geneetilistes koodides. Ehkki kõigil liigi liikmetel on põhimõtteliselt sama geneetiline struktuur, põhjustavad need väikesed erinevused fenotüübi, näiteks välimuse või ainevahetuse erinevusi üksikisikute vahel.

RFLP analüüsimeetod hõlmab konkreetse piirkonna lõikamist DNA teadaoleva varieeruvusega restriktsiooniensüümidega, eraldades seejärel DNA fragmendid agaroosgeeli elektroforeesi teel ja määrates fragmentide arvu ja suhtelise suuruse.

Restriktsiooniensüüm on ensüüm, valgu molekul, mis lõikab DNA restriktsioonikohtades. Sisuliselt lõhustatakse ja produtseeritakse DNA proov restriktsiooniensüümide abil. Saadud fragmendid eraldatakse vastavalt nende pikkusele ja fragmentide suuruse muster erineb iga testitud üksiku puhul.

RFLP täielik protsess nõuab sondi märgistamist, DNA fragmenteerimist, elektroforeesi, blotimist, hübridiseerimist, pesemist ja autoradiograafiat. Avastatud RFLP visualiseeritakse autoradiograafias röntgenfilmi abil, kus DNA fragmente saab vaadata ja analüüsida pärast seda, kui nad on elektroforeesi teel üksteisest eraldatud.

Mõned RFLP analüüsi rakendused hõlmavad järgmist:

• DNA sõrmejäljed: Kohtuekspertiisi teadlased võivad kuritegude sündmuskohal kogutud tõendite proovide põhjal kahtlustatavate tuvastamiseks kasutada RFLP-analüüsi.
• Isadus: RFLP-d kasutatakse ka isaduse määramisel või esivanemate jälitamiseks.
• Geneetiline mitmekesisus: Seda meetodit saab kasutada eluslooduse evolutsiooni ja rände uurimisel, loomapopulatsioonide sigimisharjumuste uurimisel ning teatud haiguste avastamisel ja diagnoosimisel.

Genoomide varieeruvuse RFLP tuvastamise kasutamise meetod on oluline vahend genoomi kaardistamisel ja geneetilise haiguse analüüsil. Kui otsitakse konkreetse haiguse geeni asukohta teatud kromosoomis, siis uurijad teeksid seda analüüsida haigusega pereliikmete DNA-d, seejärel otsida RFLP-st sarnaseid pärimismudeleid alleelid.

Kui haiguse geen on lokaliseeritud, võib teiste pereliikmete RFLP analüüsi läbiviimine paljastada mutantsete geenide kandja või signaali haiguse üldisest riskist. Oluline on märkida, et RFLP-tehnikat ei kasutata laialdaselt nüüd, kui kriminalistikas ja mitmes muus valdkonnas kasutatakse DNA analüüsiks uuemaid ja jõulisemaid tehnikaid.

Paraku on RFLP analüüsitehnika tüütu ja aeglane. Lisaks suure hulga proovi DNA nõudmisele - peaks proov olema tavaliselt umbes veerandi suurune, mis on suhteliselt suur DNA proovide jaoks - protsess alates sondi märgistamisest kuni pesemise ja autoradiograafiani võib kesta kuni kuu täielik.

Inimgenoomi projekti tulemused on RFLP vajaduse peaaegu täielikult asendanud. Projekt võimaldas määrata inimese rakkudes leiduva DNA kogu järjestuse, inimese genoomi ja tuvastada kõik inimese genoomis olevad geenid.