Varasemad kontaktid mõlema riigi vahel olid kaupmeeste ja maadeavastajate kaudu. Hiljem, 1800. aastate keskel, sõitsid mitmed USA esindajad Jaapanisse, et pidada läbirääkimisi kaubanduslepingute üle, sealhulgas 1852. aastal kommodoor Matthew Perry, kes pidas läbirääkimisi esimene kaubandusleping ja Kanagawa konvent. Samamoodi saabus 1860. aastal USA-sse Jaapani delegatsioon, lootuses tugevdada mõlema riigi diplomaatilisi ja kaubandussuhteid.
teine maailmasõda nägi riike üksteise vastu tormasid pärast seda, kui jaapanlased pommitasid Hawaiil Pearl Harboris asuvat Ameerika mereväebaasi 1941. aastal. Sõda lõppes 1945. Aastal pärast seda, kui Jaapan kannatas Rumeenia tohutute põhjuslike tagajärgede pärast aatomipommitamine Hiroshima, Nagasaki ja Tokyo tulepommitamine.
14. augustil 1945 alistus Jaapan võidukas liitlasvägede okupatsioonile. Pärast Jaapani kontrolli omandamist on USA president Harry Truman määratud kindraliks Douglas MacArthur Jaapanis liitlasriikide ülemjuhatajana. Liitlasväed töötasid Jaapani ülesehitamisega, samuti poliitilise legitiimsuse kindlustamisega, seistes avalikult keisri Hirohito poolel. See võimaldas
MacArthur töötada poliitilises süsteemis. 1945. aasta lõpuks töötas Jaapanis umbes 350 000 USA kaitseväelast, kes tegelesid paljude erinevate projektidega.Liitlaste kontrolli all viis Jaapan läbi märkimisväärse ümberkujundamise, mida iseloomustasid Jaapani uus põhiseadus mis rõhutas demokraatlikke põhimõtteid, haridus- ja majandusreforme ning demilitariseerimist, mis sisaldus Jaapani uues põhiseaduses. Pärast reformide toimumist nihkus MacArthur järk-järgult poliitilise kontrolli jaapanlaste üle, kulmineerudes 1952. aasta San Francisco lepinguga, mis ametlikult lõpetas okupatsiooni. See raamistik oli algus mõlema riigi tihedatele suhetele, mis kestavad tänapäevani.
San Francisco lepingule järgnenud perioodi on iseloomustanud tihe koostöö mõlema vahel riikidesse, jaapanlaste kutsel jäi Jaapanisse 47 000 USA sõjaväelast valitsus. Majanduskoostööl on olnud suur roll ka suhetes USA-ga, pakkudes Jaapanile sõjajärgsetel perioodidel märkimisväärset abi, kui Jaapanist sai liitlane Külm sõda. Partnerluse tulemuseks on Jaapani majanduse taaselustamine, mis on endiselt üks piirkonna tugevaimaid majandusi.