Mesencephalonis asub arvukalt struktuure, sealhulgas tektum, tegmentum, peaajukestas, jussi nigra, maovähk ja kraniaalnärvid (okulomotoorne ja trochlear). tektum koosneb ümaratest punnidest, mida nimetatakse kollikuliteks ja mis osalevad nägemis- ja kuulmisprotsessides. ajujalg on närvikiudude kimp, mis ühendab aju ja tagaaju. Ajujalg hõlmab tegementum (moodustab keskmise aju aluse) ja väikeaju (närvikavad, mis ühendavad aju peaaju koos väikeaju). põhjendamatu nigra on närvisidemetega eesmised lohud ja muud aju piirkonnad, mis on seotud motoorse funktsiooniga. Lahtrid, mis asuvad jussi nigras, toodavad ka dopamiini - keemilist messengerit, mis aitab koordineerida lihased liikumine.
Neurodegeneratsioon närvirakud põhjenduses nigra vähendab dopamiini tootmist. Dopamiini taseme oluline vähenemine (60–80%) võib põhjustada Parkinsoni tõve arengut. Parkinsoni tõbi on a närvisüsteem häire, mille tulemuseks on motoorse kontrolli ja koordinatsiooni kaotamine. Sümptomiteks on värisemine, liikumise aeglus, lihaste jäikus ja tasakaaluhäired.