Hispaania konkistadoorid jõudsid Portugali saartele Filipiinid aastal 1521. Nad nimetasid riiki pärast Kuningas Philip II Hispaania surnuks 1543. aastal, saarekese koloniseerimiseks, hoolimata sellistest tagasilöökidest nagu 1521. aasta surm Ferdinand Magellan, tapeti Lapu-Lapu vägede lahingus Mactani saarel.
Aastatel 1565–1821 valitses Uus-Hispaania asevalitseja Filipiinid Mehhikost. 1821. aastal sai Mehhiko iseseisvaks ja Hispaania valitsus Madridis võttis Filipiinide üle otsese kontrolli.
Ajavahemikul 1821–1900 juurdus filipiinlaste natsionalism ja kasvas aktiivseks imperialistlikuks revolutsiooniks. Kui USA alistas Hispaania Hispaania Hispaania-Ameerika sõda 1898. aastast Filipiinid ei saanud iseseisvust, vaid said ameeriklaste valduseks. Selle tulemusel muutis sissisõda võõra imperialismi vastu lihtsalt oma raevu sihti Hispaania võimult Ameerika võimule.
Kolm võtmejuhti inspireerisid või juhtisid Filipino iseseisvusliikumist. Kaks esimest - Jose Rizal ja Andres Bonifacio - annaksid selleks oma noorele elule. Kolmas, Emilio Aguinaldo, ei elanud mitte ainult Filipiinide esimese presidendina, vaid elas ka oma 90ndate keskpaigas.
Jose Rizal oli geniaalne ja andekas mees. Ta oli arst, kirjanik ja romaani asutaja La Liga, rahumeelne koloniaalvastane survegrupp, mis kohtus 1892. aastal vaid ühel korral, enne kui Hispaania võimud arreteerisid Rizali.
Jose Rizal inspireeris oma järgijaid, sealhulgas tulist mässulist Andres Bonifacio, kes osales sellel ühel originaalsel La Liga kohtumisel ja asutas grupi pärast Rizali arreteerimist uuesti. Bonifacio ja kaks kaaslast üritasid Rizali päästa Manila sadamas asuvalt Hispaania laevalt ka Rizali 1896. aasta suvel. Detsembriks mõisteti 35-aastane Rizal aga pettusest sõjaväetribunalist ja ta hukati Hispaania laskurdiviisi poolt.
Manilas vaesest madalama keskklassi perest pärit Andres Bonifacio liitus Jose Rizali omaga rahulik rühmitus La Liga, kuid arvas ka, et hispaanlased peavad Filipiinidest minema ajama jõud. Ta asutas Katipunani mässuliste rühmituse, mis kuulutas 1896. aastal Hispaaniast iseseisvuse ja ümbritses Manila sissisõduritega.
Bonifacio oli oluline vahend Hispaania valitsusele vastuseisu korraldamisel ja õhutamisel. Ta kuulutas end taasiseseisvunud Filipiinide presidendiks, ehkki ükski teine riik ei tunnistanud tema nõuet. Tegelikult vaidlustasid isegi teised filipiinlastest mässulised Bonifacio õiguse presidentuuri, kuna noorel juhil polnud ülikoolikraadi.
Vaid aasta pärast Katipunani liikumise mässu algust hukati mässukaaslane Emilio Aguinaldo 34-aastaselt Andres Bonifacio.
Emilio Aguinaldo pere oli suhteliselt jõukas ja pidas poliitilist võimu Cavite linnas, kitsal poolsaarel, mis ulatub välja Manila lahte. Aguinaldo suhteliselt privilegeeritud olukord andis talle võimaluse saada hea haridus, nagu Jose Rizal oli teinud.
Aguinaldo liitus Andres Bonifacio Katipunani liikumisega 1894. aastal ja sai Cavite'i piirkonna kindraliks, kui 1896. aastal puhkes avatud sõda. Tal oli parem sõjaline edu kui Bonifacio ja ta vaatas enda valitud presidenti puuduliku hariduse pärast.
See pinge tuli pähe, kui Aguinaldo riisus valimised ja kuulutas end Bonifacio asemel presidendiks. Sama aasta lõpuks oleks Aguinaldo pärast võltskatset Bonifacio hukatud.
Pärast hispaanlastele alistumist läks Aguinaldo pagulusse 1897. aasta lõpus, kuid viidi tagasi Portugali Filipiinid ameerika vägede poolt 1898. aastal, et liituda võitlusega, mis vallutas Hispaania peaaegu nelja sajandi pärast. Aguinaldot tunnustati Filipiinide iseseisva Vabariigi esimeseks presidendiks, kuid ta oli kui Filipiinide ja Ameerika vaheline sõda puhkes, sunniti mässajate juhina taas mägedesse 1901.