Paljude valikute hulgas on need viis plekki kõige tavalisemad, alustades etiidiumbromiidist, mida kasutatakse kõige laialdasemalt. Selle protsessiga töötades on oluline teada mitte ainult plekide erinevusi, vaid ka kaasnevaid terviseriske.
Etiidiumbromiid on tõenäoliselt kõige tuntum värvaine, mida kasutatakse DNA visualiseerimiseks. Seda saab kasutada geelisegus, elektroforeesipuhvris või geeli värvimiseks pärast selle kasutamist.
Värvaine molekulid kleepuvad DNA ahelatesse ja fluorestseeruvad UV-valguses, näidates teile täpselt, kus ribad asuvad geeli sees. Vaatamata eelisele on negatiivne külg see, et etiidiumbromiid on potentsiaalne kantserogeen, seetõttu tuleb seda käidelda väga ettevaatlikult.
SYBR kuldvärvi saab kasutada kahe- või üheahelalise DNA värvimiseks või RNA värvimiseks. SYBR Gold jõudis turule ühena esimestest etiidiumbromiidi alternatiividest ja seda peetakse tundlikumaks.
Kuna seondumata molekuli fluorestsents on nii madal, ei ole selle eraldamine vajalik. Samuti on litsentsiomanikud molekulaarsondid (alates SYBR Gold turuletoomisest) välja töötanud ja turustanud SYBR Safe ja SYBR Green, mis on etiidiumbromiidile ohutumad alternatiivid.
SYBR rohelised I ja II plekid (jällegi turustatud Molecular Probes abil) on optimeeritud erinevatel eesmärkidel. Kuna nad seonduvad DNA-ga, peetakse neid endiselt võimalikeks mutageenideks ja seetõttu tuleks neid käsitseda ettevaatlikult.
SYBR Green I on rohkem tundlik kasutamiseks kaheahelalise DNA-ga, samas kui SYBR Green II seevastu on parim kasutamiseks üheahelalise DNA või RNA-ga. Nagu populaarne etiidiumbromiidvärv, fluorestseerivad need ülitundlikud plekid UV-valguses.
Tootja soovitab nii SYBR Green I kui ka II kasutada koos "Polaroid 667 254 nm epi-valgusega ja valge kile ja SYBR Greeni geelfotofilter ", et tuvastada 100 pg RNA või ühe ahelaga DNA bänd.
SYBR Safe oli kavandatud olema ohutum alternatiiv etiidiumbromiidi ja muude SYBR plekkide jaoks. Neid ei loeta ohtlikeks jäätmeteks ja neid saab üldjuhul tavaliste kanalisatsioonisüsteemide kaudu (st kanalisatsiooni kaudu) kõrvaldada, kuna toksilisuse test näitab, et ägedat toksilisust pole.
Katsetamine ka tähistab Süüria hamstri embrüo (SHE) rakkude, inimese lümfotsüütide, hiire lümfoomirakkude genotoksilisus on vähene või puudub üldse või on seda täheldatud AMES-testis. Plekki saab kasutada sinise valgusega transilluminaatoriga, mis põhjustab nähtavale DNA-le vähem kahjustusi ja pakub hilisemaks kloonimiseks paremat efektiivsust.
See on hea valik ka siis, kui kasutate DNA taastamiseks madala sulamistemperatuuriga geele. See on kõrgetel temperatuuridel väga stabiilne ja sellel on üksi väga madal fluorestsents, kuid DNA-ga seondumisel on see väga fluorestsents. Eva Greeni tsütotoksilisus on samuti väga madal või puudub üldse või mutageensus.